Il suono di Make Yourself, pubblicato il 26 ottobre 1999 tramite Epic e Immortal Records, rappresenta una svolta verso un rock alternativo più melodico e focalizzato sul groove, distanziandosi dal metal e funk più marcato dei loro lavori precedenti. Ciò si nota nella minore presenza di basso con slap e nella tecnica del palm muting alla chitarra, elementi che si intravedono appena in brani come Out From Under. La batteria suona anch'essa più contenuta, con un uso predominante del pedale singolo, una caratteristica che si sarebbe mantenuta nelle uscite successive. L'album produsse tre singoli che scalarono posizioni nella classifica Alternative Songs di Billboard: Pardon Me, Stellar e Drive. Quest'ultimo non solo raggiunse il primo posto in quella lista, ma divenne anche l'unico brano della band fino ad oggi ad entrare nella top 10 del Billboard Hot 100, raggiungendo il nono posto.
Sebbene alcuni percepiscano Make Yourself come un album più accessibile dei suoi predecessori, lo stesso Brandon Boyd ha commentato che non si proposero consapevolmente di fare un disco più commerciale; semplicemente composero nel modo che trovavano naturale. Tuttavia, il chitarrista Mike Einziger ha sottolineato che cercavano di dotare l'album di una maggiore maturità e un focus più definito, allontanandosi dall'eccentricità dei lavori precedenti. L'intenzione era, secondo lui, migliorare la loro arte e diventare compositori più solidi, cercando una connessione emotiva più profonda con il pubblico, in contrasto con la musica che descrisse come a volte "caricaturale" dei loro anni adolescenziali. Il processo di registrazione ebbe luogo negli studi NRG a Los Angeles.