O som de Make Yourself, lançado em 26 de outubro de 1999, pela Epic e Immortal Records, representa uma guinada para um rock alternativo mais melódico e focado no groove, distanciando-se do metal e funk mais marcados de seus trabalhos anteriores. Isso é notado na menor presença de baixo com slap e na técnica de palm muting na guitarra, elementos que mal se insinuam em faixas como Out From Under. A bateria também soa mais contida, com um uso predominante do pedal simples, uma característica que se manteria em lançamentos posteriores. O álbum produziu três singles que escalaram posições na parada Alternative Songs da Billboard: Pardon Me, Stellar e Drive. Esta última não só alcançou o primeiro lugar nessa lista, mas também se tornou a única música da banda até hoje a entrar no top 10 do Billboard Hot 100, chegando à nona posição.
Embora alguns percebam Make Yourself como um álbum mais acessível que seus predecessores, o próprio Brandon Boyd comentou que eles não se propuseram conscientemente a fazer um disco mais comercial; eles simplesmente compuseram da maneira que lhes parecia natural. No entanto, o guitarrista Mike Einziger observou que buscavam dotar o álbum de maior maturidade e um foco mais definido, afastando-se da excentricidade de trabalhos anteriores. A intenção era, segundo ele, aprimorar sua arte e se tornarem compositores mais sólidos, buscando uma conexão emocional mais profunda com o público, em contraste com a música que ele descreveu como às vezes "caricata" de seus anos de adolescência. O processo de gravação ocorreu nos estúdios NRG em Los Angeles.