El sonido de Make Yourself, lanzado el 26 de octubre de 1999 a través de Epic e Immortal Records, representa un giro hacia un rock alternativo más melódico y enfocado en el groove, distanciándose del metal y funk más marcado de sus trabajos anteriores. Se nota en la menor presencia de bajo con slap y en la técnica de palm muting en la guitarra, elementos que apenas se insinúan en temas como Out From Under. La batería también suena más contenida, con un uso predominante del pedal simple, una característica que se mantendría en lanzamientos posteriores. El álbum produjo tres sencillos que escalaron posiciones en el Billboard's Alternative Songs chart: Pardon Me, Stellar y Drive. Este último no solo alcanzó el primer puesto en esa lista, sino que también se convirtió en el único tema de la banda hasta la fecha en ingresar al top 10 del Billboard Hot 100, llegando al noveno lugar.
Aunque algunos perciben Make Yourself como un álbum más accesible que sus predecesores, el propio Brandon Boyd ha comentado que no se propusieron conscientemente hacer un disco más comercial; simplemente compusieron de la manera que les resultaba natural. Sin embargo, el guitarrista Mike Einziger sí señaló que buscaban dotar al álbum de una mayor madurez y un enfoque más definido, alejándose de la excentricidad de trabajos previos. La intención era, según él, mejorar su arte y convertirse en compositores más sólidos, buscando una conexión emocional más profunda con la audiencia, en contraste con la música que describió como a veces "caricaturesca" de sus años de adolescencia. El proceso de grabación tuvo lugar en los estudios NRG en Los Angeles.