Il modo di registrare questo album fu piuttosto particolare. Chao iniziò a catturare idee, suoni di strada e frammenti di conversazioni su un registratore portatile mentre viaggiava. Tornato in Spagna, continuò a comporre a Madrid e in Galizia prima di andare a Parigi. Lì, insieme al produttore Renaud Letang, iniziò a organizzare le canzoni e i suoni che aveva accumulato. Inizialmente, il suono aveva una forte influenza elettronica, con ritmi ballabili. Tuttavia, un errore tecnico nel computer di Letang cancellò gran parte di quegli elementi, lasciando un suono più acustico e organico. Lungi dallo scoraggiarsi, Chao vide questo come un'opportunità, dicendo che "il caso è mio amico". Il processo divenne una sorta di terapia per lui. Provarono i mix con i figli dei loro vicini, e le canzoni che risuonarono di più con loro furono quelle che finirono sull'album. Il risultato fu qualcosa che suonava completamente nuovo, come se avessero "messo al mondo un UFO", secondo Letang. Nonostante i dubbi iniziali dell'industria, che si aspettava un pubblico limitato ai fan dei Mano Negra, l'album conteneva gemme come Clandestino, Desaparecido e Bongo Bong, che divennero punti di riferimento.
Clandestino fu pubblicato nel 1998 e si distinse per l'inclusione di frammenti di discorsi del Subcomandante Marcos. La registrazione avvenne in diversi luoghi del mondo, utilizzando un piccolo laptop, il che si rifletteva nelle note dell'album come "Estudio Clandestino". Questo lavoro fu riconosciuto dalla rivista francese Rolling Stone come uno dei migliori album rock francesi, posizionandolo al 67° posto su 100, e fu anche incluso nel libro 1001 Albums You Must Hear Before You Die. Nel 2020, Rolling Stone lo collocò al 469° posto nella sua lista dei 500 migliori album di tutti i tempi. L'album, con una durata totale di 45:51, esplorò generi come il reggae rock e il worldbeat, ed è stato prodotto da Manu Chao stesso e da Renaud Letang.
