A forma de gravar este álbum foi bastante particular. Chao começou a capturar ideias, sons de rua e fragmentos de conversas em um gravador portátil enquanto viajava. De volta à Espanha, continuou compondo em Madri e na Galícia antes de ir para Paris. Lá, junto ao produtor Renaud Letang, começou a organizar as canções e os sons que havia acumulado. Inicialmente, o som tinha uma forte influência eletrônica, com ritmos dançantes. No entanto, um erro técnico no computador de Letang eliminou grande parte desses elementos, deixando um som mais acústico e orgânico. Longe de se desanimar, Chao viu isso como uma oportunidade, dizendo que "o acaso é meu amigo". O processo se tornou uma espécie de terapia para ele. Testaram as misturas com os filhos de seus vizinhos, e as canções que mais ressoaram com eles foram as que acabaram no disco. O resultado foi algo que soava completamente novo, como se tivessem "dado à luz um OVNI", segundo Letang. Apesar das dúvidas iniciais da indústria, que esperava um público limitado aos seguidores da Mano Negra, o álbum continha joias como Clandestino, Desaparecido e Bongo Bong, que se tornaram pontos de referência.
Clandestino foi lançado em 1998 e se destacou por incluir fragmentos de discursos do Subcomandante Marcos. A gravação foi realizada em diferentes lugares do mundo, utilizando um pequeno laptop, o que se refletiu nas notas do álbum como "Estudio Clandestino". Este trabalho foi reconhecido pela revista Rolling Stone francesa como um dos melhores álbuns de rock francês, colocando-o na 67ª posição de 100, e também foi incluído no livro 1001 Albums You Must Hear Before You Die. Em 2020, a Rolling Stone o colocou na 469ª posição de sua lista dos 500 melhores álbuns de todos os tempos. O álbum, com uma duração total de 45:51, explorou gêneros como reggae rock e worldbeat, sendo produzido pelo próprio Manu Chao e Renaud Letang.
