La forma de grabar este álbum fue bastante particular. Chao comenzó a capturar ideas, sonidos callejeros y fragmentos de conversaciones en un grabador portátil mientras viajaba. De regreso en España, continuó componiendo en Madrid y Galicia antes de ir a París. Allí, junto al productor Renaud Letang, empezó a organizar las canciones y sonidos que había acumulado. Inicialmente, el sonido tenía una fuerte influencia electrónica, con ritmos bailables. Sin embargo, un error técnico en la computadora de Letang eliminó gran parte de esos elementos, dejando un sonido más acústico y orgánico. Lejos de desanimarse, Chao vio esto como una oportunidad, diciendo que "el azar es mi amigo". El proceso se convirtió en una especie de terapia para él. Probaron las mezclas con los hijos de sus vecinos, y las canciones que más resonaron con ellos fueron las que terminaron en el disco. El resultado fue algo que sonaba completamente nuevo, como si hubieran "dado a luz a un OVNI", según Letang. A pesar de las dudas iniciales de la industria, que esperaban un público limitado a los seguidores de Mano Negra, el álbum contenía joyas como Clandestino, Desaparecido y Bongo Bong, que se convirtieron en puntos de referencia.
Clandestino se lanzó en 1998 y se destacó por incluir fragmentos de discursos del Subcomandante Marcos. La grabación se realizó en diferentes lugares del mundo, utilizando una pequeña laptop, lo que se reflejó en las notas del álbum como "Estudio Clandestino". Este trabajo fue reconocido por la revista Rolling Stone francesa como uno de los mejores álbumes de rock francés, ubicándolo en el puesto 67 de 100, y también fue incluido en el libro 1001 Albums You Must Hear Before You Die. En 2020, Rolling Stone lo colocó en el puesto 469 de su lista de los 500 mejores álbumes de todos los tiempos. El álbum, con una duración total de 45:51, exploró géneros como el reggae rock y el worldbeat, siendo producido por el propio Manu Chao y Renaud Letang.
