La grabación de este álbum tuvo sus particularidades. Si bien algunas canciones se crearon pensando en la película, otras eran material que la banda ya tenía y que no había sido publicado. Por ejemplo, "Only a Northern Song" de George Harrison se había pensado originalmente para Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band y gran parte estaba grabada desde 1967. "It's All Too Much", también de Harrison, se grabó poco antes de Sgt. Pepper's y tuvo que ser acortada para este lanzamiento. Por otro lado, "Hey Bulldog" y "All Together Now" parecen haber sido concebidas para la película, aunque hay registros de que "Hey Bulldog" se grabó durante la filmación del clip de "Lady Madonna". La cara B del disco está enteramente dedicada a las composiciones de George Martin, que dan vida a los paisajes sonoros de la película.
A pesar de que algunas piezas ya eran conocidas, el álbum tuvo su momento. Alcanzó los primeros puestos en las listas de éxitos, tanto en el Reino Unido como en los Estados Unidos. La recepción crítica fue variada; algunos sintieron que el material de la banda sonaba un poco desfasado en comparación con sus trabajos anteriores, pero el trabajo orquestal de George Martin recibió elogios. Originalmente, se consideró la posibilidad de que Yellow Submarine fuera un EP más corto, sin la música orquestal y con "Across the Universe" incluida, pero finalmente se optó por la versión que conocemos, que ha sido reeditada en formato de disco compacto varias veces a lo largo de los años.