Il suono di Californication fu in gran parte concepito negli spazi intimi dei musicisti. Le idee iniziarono a prendere forma nel garage di Flea, con sessioni di improvvisazione che diedero vita alle basi di basso e percussioni. Anthony Kiedis e John Frusciante passarono intere giornate a condividere concetti sulla struttura delle canzoni, sui riff di chitarra e sui testi. Questo processo collaborativo si riflette in brani come "Scar Tissue", dove un riff commovente di Frusciante ispirò direttamente Kiedis. I testi esplorano temi che vanno dalle allusioni sessuali caratteristiche della band a riflessioni sulla lussuria, la morte e le lotte personali, come in "Porcelain", ispirata alla storia di una giovane madre che affronta la dipendenza.
L'album risuonò fortemente sia con la critica che con il pubblico, rivitalizzando la carriera della band. Canzoni come "Around the World", "Otherside", "Californication" e la vincitrice di un Grammy, "Scar Tissue", divennero pilastri del loro repertorio. La critica sottolineò il cambiamento verso un suono più introspettivo e spirituale, allontanandosi da quello puramente energico. Si notò che la voce di Anthony Kiedis aveva acquisito un'estensione e un'espressività notevoli, e molti attribuirono la rinascita del suono dei Red Hot Chili Peppers al ritorno di John Frusciante, considerato da alcuni il chitarrista ideale per la band.